E' stato possibile ricostruire la cronologia dei parroci di Santo Stefano solo a partire dall'epoca di San Carlo. Prima di allora si ha notizia di un Tomaso de Orsini, canonico di Santa Maria Assunta di Gallarate, titolare nel 1445 delle cappelle di Santo Stefano e di Santa Maria in Oggiona. All'inizio del Novecento anche Santa Maria divenne parrocchia autonoma, dopo secoli di dipendenza da Santo Stefano. Con decreto Vescovile del 2010 la parrocchia viene accorpata a Santo Stefano, Cavaria e Premezzo, con un unico parroco.